Sengketa PPN antara PT RI dan DJP bermula dari kebijakan otoritas yang mereklasifikasi penyerahan kepada Pemungut PPN menjadi penyerahan yang harus dipungut sendiri karena ketiadaan data NTPN. Direktur Jenderal Pajak (DJP) berargumen bahwa Wajib Pajak bertanggung jawab penuh membuktikan penyetoran pajak oleh lawan transaksi sesuai Pasal 12 ayat (3) UU KUP. Sebaliknya, PT RI menegaskan bahwa berdasarkan Pasal 16A UU PPN, kewajiban memungut dan menyetor sepenuhnya berada di tangan Pemungut PPN (Bendahara/BUMN), sehingga kelalaian pihak ketiga tidak dapat dibebankan kepada penjual yang telah menerbitkan Faktur Pajak secara benar.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menyatakan bahwa Terbanding tidak dapat membuktikan adanya arus uang yang mencerminkan pembayaran PPN dari pembeli kepada penjual untuk mendukung reklasifikasi tersebut. Hakim menekankan bahwa Pasal 16A UU PPN memindahkan tanggung jawab pembayaran kepada pemungut, dan otoritas pajak seharusnya melakukan konfirmasi internal antar KPP sebelum melakukan koreksi. Selain itu, upaya pembetulan keputusan keberatan oleh DJP saat persidangan dinyatakan tidak sah karena melampaui jangka waktu 12 bulan. Putusan ini menegaskan perlindungan bagi Wajib Pajak dari kelalaian administratif pihak pemungut pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini