Sengketa PPN antara PT HI dan otoritas pajak pada Masa Pajak November 2020 mempertegas penerapan prinsip substance over form dalam pengadilan pajak Indonesia. Isu bermula saat Wajib Pajak melaporkan transaksi penjualan mesin (fasilitas BC 2.5) pada kolom "digunggung" di SPT Masa PPN karena kendala teknis aplikasi e-faktur. Otoritas pajak mengoreksi hal tersebut karena menganggap Wajib Pajak bukan pedagang eceran.
[Image: Diagram of VAT Substance Over Form vs. Administrative Procedure]
Inti konflik meluas ke pos Pajak Masukan, di mana otoritas pajak menolak pengkreditan PPN atas spare part hanya karena penjual menggunakan Kode Faktur 01 (dipungut) alih-alih Kode 07 (tidak dipungut), meskipun pembeli secara nyata telah membayar pajak tersebut. Di sisi lain, sengketa LPG kantin juga muncul dengan perdebatan mengenai kriteria "hubungan langsung dengan kegiatan usaha".
[Image: Infographic of VAT Invoice Codes 01 vs. 07 and Creditability Rights]
Dalam resolusinya, Majelis Hakim Pengadilan Pajak membatalkan koreksi atas pelaporan digunggung dan spare part. Majelis berpendapat bahwa keterbatasan sistem aplikasi tidak boleh merugikan hak-hak Wajib Pajak selama substansi transaksinya benar (bebas PPN). Lebih jauh, Majelis menegaskan bahwa kesalahan administrasi oleh penjual dalam mencantumkan kode faktur tidak dapat dibebankan kepada pembeli yang telah menjalankan kewajiban pembayarannya.
Analisis ini memberikan implikasi penting bagi manajemen pajak perusahaan: dokumentasi materiil (bukti bayar dan arus barang) adalah tameng utama di pengadilan. Meskipun formalitas faktur penting, keadilan hukum tetap melindungi pembeli dari kesalahan administratif sepihak lawan transaksi. Namun, untuk biaya penunjang karyawan seperti LPG, pengadilan tetap konsisten menolak pengkreditannya karena dianggap tidak memiliki korelasi teknis dengan proses produksi utama.