Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-003307.16/2023/PP/M.XVA Tahun 2025 yang melibatkan PT FI secara tegas menekankan bahwa penetapan kewajiban Pajak Pertambahan Nilai (PPN) harus didasarkan pada bukti nyata penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP), bukan sekadar asumsi administratif. Kasus ini menyoroti dua isu krusial: pertama, penggunaan metode mark-up Harga Pokok Penjualan (HPP) dari pemeriksaan PPh Badan sebagai dasar koreksi DPP PPN; dan kedua, sengketa formalitas pengkreditan PPN Pemanfaatan Jasa dari Luar Daerah Pabean (PPN JLN). Inti konflik muncul ketika Terbanding (DJP) mempertahankan koreksi DPP PPN senilai Rp217,68 Miliar, yang didasarkan pada selisih ekualisasi HPP, menganggapnya sebagai penyerahan yang belum dilaporkan. Di sisi lain, Terbanding menolak pengkreditan PPN JLN karena adanya kesalahan kode Kantor Pelayanan Pajak (KPP) pada Bukti Penerimaan Negara (BPN), meskipun PPN telah disetor ke Kas Negara.
Argumen Terbanding bahwa selisih HPP adalah penyerahan BKP/JKP yang terutang PPN ditolak oleh Pemohon Banding karena Terbanding gagal menyajikan satu pun bukti transaksi penyerahan yang riil. Pemohon Banding berkeras bahwa PPN JLN telah memenuhi syarat materiil, yaitu PPN telah disetor, dibuktikan dengan Nomor Transaksi Penerimaan Negara (NTPN) yang valid. Dalam resolusinya, Majelis Hakim mengambil sikap yang mendukung keadilan materiil. Majelis membatalkan koreksi DPP Rp217,68 Miliar karena koreksi tersebut hanya bersifat asumtif, yang tidak dapat dijadikan dasar penetapan PPN tanpa bukti penyerahan yang meyakinkan. Lebih lanjut, Majelis menyatakan bahwa adanya kesalahan formal (kode KPP) pada BPN tidak dapat menggugurkan hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan PPN JLN selama PPN tersebut terbukti telah disetor dan diterima Kas Negara dengan NTPN yang sah.
Analisis putusan ini memberikan implikasi penting: Wajib Pajak memiliki benteng pertahanan yang kuat untuk menolak koreksi PPN yang didasarkan pada ekualisasi PPh, asalkan DJP tidak dapat menunjukkan bukti penyerahan fisik. Putusan ini juga menegaskan kembali prinsip bahwa substansi setoran pajak (NTPN) lebih diutamakan daripada formalitas administratif, memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak yang telah memenuhi kewajiban penyetoran PPN JLN. Namun, Wajib Pajak harus tetap berhati-hati dan memastikan semua dokumen pendukung sengketa tersedia dan spesifik.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini