Penerapan prinsip Pasal 16 B ayat (3) Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai (UU PPN) secara konsisten menjadi isu krusial dalam litigasi perpajakan di Indonesia, terutama ketika menyangkut pengkreditan Pajak Masukan (PM) atas perolehan Barang Kena Pajak (BKP) yang mendapat fasilitas pembebasan PPN. Kasus PT GCI melawan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) dalam Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-003403.16/2024/PP/M.IIIB Tahun 2025 menjadi penegasan bahwa status hukum penyerahan BKP yang dibebaskan PPN memiliki kekuatan superior dalam menentukan hak pengkreditan PM, bahkan mengesampingkan mekanisme pengkreditan proporsional.
Kasus ini berpusat pada koreksi Pajak Masukan (PM) sebesar Rp50.377.663,00 yang berasal dari tagihan listrik PT Perusahaan Listrik Negara (PERSERO) yang pada dokumennya mencantumkan keterangan PPN Dibebaskan sesuai Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 48 Tahun 2020. DJP berargumen bahwa, sesuai Pasal 16 B ayat (3) UU PPN, PM atas penyerahan BKP/JKP yang dibebaskan dari pengenaan PPN tidak dapat dikreditkan. Argumen ini bersifat mutlak.
Di sisi lain, Pemohon Banding membantah total koreksi tersebut dengan pembuktian faktual bahwa mereka hanya mengkreditkan secara proporsional sebesar Rp5.967.327,00 (sekitar 11,8% dari total PPN). Pengkreditan proporsional ini diklaim merujuk pada ketentuan yang memperbolehkan PM dikreditkan sepanjang berhubungan dengan kegiatan usaha yang menghasilkan penyerahan terutang PPN. Pemohon Banding berasumsi bahwa listrik digunakan untuk seluruh kegiatan, baik yang terutang PPN maupun yang dibebaskan.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengadopsi resolusi yang memenangkan kedua belah pihak secara parsial, menghasilkan amar putusan Kabul Sebagian. Majelis membatalkan koreksi atas sisa jumlah Rp44.410.336,00 karena terbukti tidak pernah dikreditkan oleh Wajib Pajak. Namun, Majelis mempertahankan koreksi atas jumlah yang benar-benar dikreditkan (Rp5.967.327,00).
Pendapat hukum Majelis secara tegas menyatakan bahwa argumentasi pengkreditan proporsional (P4M) yang dianut Pemohon Banding tidak relevan. Isu pokok sengketa ini adalah status hukum dari perolehan BKP (listrik) itu sendiri. Karena perolehan listrik tersebut telah ditetapkan sebagai dibebaskan dari PPN oleh regulasi turunan undang-undang (PP 48/2020), maka larangan pengkreditan yang diatur dalam Pasal 16 B ayat (3) UU PPN otomatis berlaku secara absolut.
Implikasinya, Putusan ini memberikan preseden kuat bahwa Wajib Pajak harus sangat berhati-hati dalam memperlakukan PM dari BKP/JKP yang mendapat fasilitas PPN dibebaskan, dan tidak dapat mencampuradukkannya dengan mekanisme proporsionalitas yang berlaku untuk penyerahan yang tidak terutang PPN. Pelajaran pentingnya, kepatuhan formal dalam pelaporan harus dibarengi dengan pemahaman substansi hukum PPN.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini