Penerapan regulasi terkait PPN Pemungutan seringkali menjadi area sengketa yang kompleks, terutama bagi BUMN sebagai entitas yang diwajibkan melakukan pemungutan, penyetoran, dan pelaporan sesuai Pasal 16A Undang-Undang PPN. Kasus yang melibatkan BLG (Putusan Nomor PUT-004525.16/2021/PP/M.XVIIIA Tahun 2025) menyoroti ketegangan antara kepatuhan formal administrasi dan pemenuhan kewajiban substansial, dengan nilai sengketa PPN mencapai ratusan juta rupiah akibat koreksi atas kurangnya bukti setoran yang sah dan isu pembatalan faktur.
Konflik inti dalam kasus ini berpangkal pada koreksi yang dilakukan oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) atas empat kelompok PPN Pemungutan yang dianggap kurang bayar. DJP berargumen bahwa Pemohon Banding gagal melampirkan Bukti Penerimaan Negara (BPN) dengan Kode Jenis Setoran (KJS) yang tepat atau gagal menyelesaikan proses Pemindahbukuan (Pbk) karena ketidaklengkapan dokumen (SSP Lembar 1 asli). Bagi DJP, kegagalan formil ini, yang diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 85/PMK.03/2012, secara otomatis menjadikan PPN kurang bayar.
Pemohon Banding, di sisi lain, membela diri dengan argumen substansial. Mereka menekankan bahwa PPN telah terbukti masuk ke kas negara (NTPN tersedia) dan kesalahan KJS/Masa Pajak adalah cacat administrasi yang harusnya dapat diselesaikan melalui Pbk. Penolakan Pbk oleh DJP karena hilangnya SSP Lembar 1 asli dianggap tidak sah karena Pemohon Banding wajib menyerahkan SSP tersebut kepada rekanan sesuai ketentuan Pemungut PPN. Selain itu, mereka berhasil membuktikan adanya pembatalan faktur pajak pada beberapa pos, yang secara hukum meniadakan PPN terutang.
Dalam pertimbangan hukumnya, Majelis Hakim Pengadilan Pajak menunjukkan pendekatan yang pragmatis dan mengutamakan substansi. Majelis menerima bukti BPN/Pbk yang berhasil diselesaikan selama proses Banding serta bukti Pembatalan Faktur. Prinsip yang ditegaskan adalah bahwa jika PPN telah terbukti masuk ke kas negara atau transaksi telah batal, koreksi DJP harus dibatalkan.
Namun, Majelis juga mempertahankan koreksi PPN atas faktur yang belum diterima Pemohon Banding senilai Rp135.253.494,00. Majelis menyatakan bahwa data persandingan DJP yang menunjukkan adanya pelaporan PPN Keluaran oleh lawan transaksi adalah bukti sah bahwa penyerahan BKP/JKP telah terjadi dan PPN telah terutang. Ini menunjukkan bahwa kewajiban Pemungut PPN melekat pada saat terutangnya PPN, bukan pada saat penerimaan faktur pajak.
Implikasi dari putusan Kabul Sebagian ini memberikan pelajaran penting. Pertama, wajib pajak Pemungut PPN harus berhati-hati dalam proses Pemindahbukuan. Kedua, Majelis Hakim memberikan perlindungan bagi wajib pajak yang mengalami kendala administratif yang dilematis (seperti penyerahan SSP Lembar 1 ke rekanan), namun di saat yang sama menegaskan bahwa fakta penyerahan/jasa yang terbukti melalui data DJP sudah cukup menjadi dasar bagi Pemungut PPN untuk dikenakan kewajiban PPN Pemungutan, meskipun faktur belum di tangan. Oleh karena itu, BUMN dan Bendaharawan wajib memperkuat rekonsiliasi PPN Pemungutan secara proaktif.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini