Direktur Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi atas Pajak Masukan PT BD sebesar Rp34.850.492,00 dengan dalih pelanggaran formal pada Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP). Sengketa ini berpusat pada penafsiran Pasal 13 ayat (5) dan (9) UU PPN serta PER-24/PJ/2012, di mana Terbanding menganggap Faktur Pajak yang diterbitkan mendahului tanggal pemberian NSFP sebagai Faktur Pajak Tidak Lengkap yang tidak dapat dikreditkan.
Inti konflik ini terletak pada benturan antara kepastian administratif dan substansi ekonomi. Terbanding bersikeras bahwa NSFP yang digunakan di luar jatah atau sebelum tanggal surat pemberian NSFP adalah cacat yuridis. Sebaliknya, PT BD selaku pembeli menegaskan bahwa mereka adalah pembeli yang beriktikad baik yang telah membayar PPN kepada penjual, dibuktikan dengan arus kas dan arus barang yang nyata. PT BD berargumen bahwa kesalahan administratif yang dilakukan oleh PKP Penjual dalam mengelola NSFP tidak seharusnya merugikan hak pembeli untuk mengkreditkan pajak yang telah dibayarnya.
Majelis Hakim dalam resolusinya menyatakan bahwa secara formal, Faktur Pajak tersebut telah memenuhi unsur-unsur dalam Pasal 13 ayat (5) UU PPN. Majelis menekankan bahwa pembeli tidak memiliki otoritas untuk mengawasi kapan penjual meminta atau mendapatkan jatah NSFP dari DJP. Selama transaksi tersebut nyata (substansi material terpenuhi) dan PPN telah dipungut oleh penjual, maka pengkreditan Pajak Masukan adalah sah menurut hukum.
Analisis atas putusan ini menunjukkan kemenangan prinsip substance over form atas formalitas administratif yang kaku. Putusan ini memberikan perlindungan hukum bagi pembeli yang beriktikad baik dari kelalaian administratif pihak ketiga (penjual). Implikasinya, DJP tidak dapat serta-merta menggugurkan hak kredit pajak pembeli hanya karena masalah jatah NSFP penjual, sepanjang bukti pembayaran dan penyerahan barang/jasa dapat dibuktikan secara meyakinkan.
Kesimpulannya, sengketa ini dimenangkan oleh PT BD karena Majelis Hakim memandang hak pengkreditan Pajak Masukan merupakan hak konstitusional Wajib Pajak yang dijamin undang-undang selama syarat material terpenuhi. Pelajaran penting bagi Wajib Pajak adalah pentingnya menyimpan bukti arus uang dan barang secara rapi sebagai benteng pertahanan utama dalam menghadapi koreksi formalitas.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini