Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-010372.16/2024/PP/M.IIB Tahun 2025 secara tegas mengabulkan seluruhnya permohonan banding PT JMI terkait koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) Pajak Pertambahan Nilai (PPN) sebesar Rp3.978.226.595,00 atas dugaan penyerahan internal dari kantor cabang ke kantor pusat. Keputusan ini menekankan bahwa meskipun aspek administrasi PPN terutang tidak dipusatkan, koreksi yang berujung pada potensi pemajakan berganda (double taxation) tidak dapat dipertahankan oleh Majelis Hakim. Konflik ini bermula dari hasil pemeriksaan Ditjen Pajak yang menemukan adanya transfer barang/jasa dari Kantor Cabang (yang memiliki NPWP terpisah) ke Kantor Pusat, padahal PT JMI belum melakukan pemusatan tempat terutang PPN pada Masa Pajak Oktober 2021.
Inti konflik dalam sengketa ini terletak pada interpretasi Pasal 1A ayat (1) huruf f Undang-Undang PPN. Terbanding berargumen bahwa karena Kantor Cabang dan Kantor Pusat adalah PKP terpisah, transfer internal tersebut secara de jure merupakan penyerahan BKP yang wajib dikenakan PPN Keluaran. Dasar Pengenaan Pajak dihitung menggunakan Nilai Lain (HPP), sesuai ketentuan PMK terkait. Di sisi lain, PT JMI berargumen bahwa transaksi tersebut hanyalah mekanisme akuntansi biaya dalam satu entitas bisnis terintegrasi dan PPN atas penjualan final kepada pelanggan sudah dipungut dan disetor melalui Kantor Pusat. Mempertahankan koreksi PPN Keluaran di Kantor Cabang tanpa mempertimbangkan PPN Keluaran final akan menyebabkan kerugian bagi Wajib Pajak akibat pajak yang dikenakan dua kali atas nilai yang sama.
Pendapat hukum Majelis Hakim secara eksplisit memihak pada prinsip netralitas PPN dan keadilan. Majelis mengakui bahwa meskipun aspek administrasi formal PPN (pemusatan) tidak dipenuhi, koreksi Terbanding gagal membuktikan adanya kerugian substansial pada kas negara. Karena PT JMI telah membuktikan bahwa PPN Keluaran pada penjualan akhir sudah terkumpul di Kantor Pusat, Majelis berpendapat bahwa koreksi yang hanya menambah PPN di Cabang dan menimbulkan pemajakan berganda adalah tindakan yang tidak tepat secara substantif. Dengan dasar ini, Majelis menganggap koreksi Terbanding tidak dapat dipertahankan dan memutuskan untuk mengabulkan seluruh permohonan banding.
Implikasi putusan ini sangat penting bagi praktik perpajakan di Indonesia. Putusan ini mengirimkan sinyal kuat kepada Wajib Pajak dan otoritas pajak bahwa prinsip substansi dalam PPN (yaitu mencegah pajak berganda dan memastikan PPN dikenakan hanya pada konsumsi akhir) harus dipertimbangkan secara serius, bahkan ketika terdapat kelalaian dalam kepatuhan formalitas administratif PPN (seperti pemusatan). Wajib Pajak yang beroperas dengan struktur Pusat-Cabang tanpa pemusatan harus waspada, namun mereka kini memiliki dasar yurisprudensi untuk membela diri dari koreksi yang menyebabkan beban pajak ganda. Putusan ini menjadi pengingat kritis akan pentingnya harmonisasi antara aspek administrasi PPN dengan realitas rantai nilai bisnis.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini