Sengketa ini berfokus pada interpretasi Pasal 3 Peraturan Pemerintah Nomor 1 Tahun 2012 mengenai kewajiban pengukuhan Pengusaha Kena Pajak (PKP) bagi entitas Kerja Sama Operasi (KSO) yang melakukan penyerahan barang atau jasa kena pajak atas nama KSO. Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melalui Terbanding melakukan koreksi signifikan atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Desember 2018 milik PT DR, dengan mengubah klasifikasi kode faktur pajak dari 030 (kepada Pemungut) menjadi 010 (dipungut sendiri). Terbanding berargumen bahwa karena kontrak kerja sama dengan PLN dilakukan atas nama KSO, maka secara hukum KSO wajib memiliki NPWP dan dikukuhkan sebagai PKP. Tanpa adanya PKP KSO, Terbanding menganggap penyerahan dilakukan oleh PT DR kepada KSO terlebih dahulu (transaksi internal) sebelum diserahkan ke PLN, sehingga PPN-nya harus dipungut sendiri oleh PT DR.
Inti konflik terletak pada perbedaan pandangan mengenai substansi ekonomi dibandingkan dengan formalitas hukum. PT DR membela diri dengan menyatakan bahwa KSO tersebut bersifat non-administratif atau non-integrated joint venture. Secara faktual, setiap anggota KSO melaksanakan pekerjaan masing-masing, menagih secara langsung kepada PLN, dan menerima pembayaran ke rekening perusahaan masing-masing. Lebih krusial lagi, PLN selaku Pemungut PPN telah memungut pajak tersebut dan menyetorkannya ke kas negara menggunakan Surat Setoran Pajak (SSP) atas nama PT DR. PT DR berargumen bahwa tidak ada potensi kerugian negara karena pajak telah dibayar lunas oleh PLN sesuai mekanisme yang berlaku untuk proyek pemerintah.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan pendapat hukum yang bersifat akomodatif dan solutif. Meskipun secara normatif Majelis sepakat bahwa KSO yang berkontrak atas nama KSO seharusnya menjadi PKP sesuai PP 1/2012, Majelis tidak mengabaikan fakta materiel. Hakim menemukan bahwa seluruh kewajiban PPN atas transaksi yang disengketakan telah dipenuhi oleh Pemungut (PLN). Apabila koreksi Terbanding dipertahankan, maka akan terjadi pemungutan ganda (double taxation) yang mencederai rasa keadilan. Selain itu, Majelis menyoroti hambatan teknis di mana PT DR tidak mungkin lagi melakukan pengkreditan atau restitusi atas pajak yang telah disetor karena batasan waktu daluwarsa perpajakan.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa kebenaran materiel dan pemenuhan kewajiban pembayaran pajak kepada negara merupakan kasta tertinggi dalam sengketa perpajakan di Indonesia. Putusan ini memberikan perlindungan bagi Wajib Pajak yang tergabung dalam KSO non-administratif agar tidak terbebani secara administratif jika secara substansi pajak telah disetor. Namun, bagi praktisi perpajakan, kasus ini menjadi pengingat keras agar struktur KSO sejak awal didefinisikan dengan jelas dalam kontrak: apakah akan bertindak sebagai satu kesatuan administratif (wajib NPWP KSO) atau hanya sebagai koordinasi teknis di mana penyerahan tetap dilakukan oleh masing-masing anggota.
Kesimpulannya, Majelis Hakim memutuskan untuk membatalkan koreksi Terbanding secara keseluruhan karena hak negara atas PPN telah terpenuhi. Penegakan hukum pajak tidak boleh hanya terpaku pada prosedur formal yang kaku, melainkan harus mempertimbangkan aspek keadilan dan kemanfaatan bagi Wajib Pajak yang telah beritikad baik memenuhi kewajibannya.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini