Sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) pada PT PDL berfokus pada koreksi Pajak Masukan sebesar Rp462.880.000,00 yang dilakukan Terbanding karena jawaban konfirmasi faktur pajak dari PT BAS berstatus "Tidak Ada". Otoritas pajak bersikukuh bahwa ketiadaan pelaporan oleh lawan transaksi menggugurkan hak pengkreditan secara formal sesuai regulasi teknis konfirmasi faktur pajak.
Inti konflik ini bermuara pada perdebatan antara pemenuhan formal sistemik dengan substansi kebenaran transaksi. Terbanding mendasarkan koreksi pada hasil sistem informasi perpajakan yang menunjukkan PKP Penjual belum melaporkan faktur tersebut dalam SPT Masa PPN mereka. Sebaliknya, PDL selaku Pemohon Banding memberikan pembuktian kuat bahwa transaksi tersebut adalah riil, bukan fiktif, dengan melampirkan bukti arus uang berupa rekening koran dan bukti transfer yang menunjukkan PPN telah dibayarkan kepada penjual.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan tidak boleh dihambat oleh kelalaian pihak ketiga (penjual) dalam memenuhi kewajiban administratifnya. Dengan merujuk pada prinsip tanggung jawab renteng sebagaimana diatur dalam Pasal 33 UU KUP dan diperjelas dalam SE-15/PJ/2018, Hakim berpendapat bahwa selama pembeli dapat membuktikan telah membayar pajak tersebut, maka beban tanggung jawab pelaporan sepenuhnya ada pada penjual. Konfirmasi "Tidak Ada" hanyalah indikasi administratif yang harus diuji dengan bukti material.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak untuk tetap mempertahankan hak kredit pajaknya selama didukung dengan compliance dokumen yang rapi, terutama bukti arus uang. Putusan ini menepis tindakan otomatisasi koreksi oleh pemeriksa pajak yang hanya bersandar pada jawaban konfirmasi tanpa melakukan uji kebenaran material secara komprehensif. Kesimpulannya, kebenaran material atas pembayaran PPN melampaui kegagalan sistemik pelaporan di tingkat lawan transaksi.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini