Sengketa harga transfer antara PT NSDI dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) memuncak pada perdebatan teknis mengenai pemilihan indikator tingkat laba atau Profit Level Indicator (PLI) yang paling andal dalam metode Transactional Net Margin Method (TNMM). Otoritas pajak melakukan koreksi signifikan atas Harga Pokok Penjualan (HPP) dengan menggunakan Return on Sales (ROS) sebagai denominator, sebuah langkah yang kemudian dianulir sepenuhnya oleh Majelis Hakim Pengadilan Pajak.
Inti konflik ini terletak pada karakteristik operasional Wajib Pajak sebagai limited risk distributor yang hampir seluruh penjualannya (99,9%) dilakukan kepada pihak afiliasi. DJP berargumen bahwa ROS adalah PLI yang paling lazim dalam menguji fungsi distribusi. Namun, PT NSDI membantah keras dengan argumen berbasis OECD Transfer Pricing Guidelines, menyatakan bahwa profitabilitas perusahaan dengan risiko terbatas seharusnya diukur melalui Berry Ratio (Laba Kotor dibandingkan Biaya Operasional).
Majelis Hakim menegaskan bahwa untuk mencapai pembandingan yang apple-to-apple, denominator yang digunakan dalam TNMM haruslah variabel yang paling sedikit dipengaruhi oleh transaksi afiliasi. Karena nilai penjualan PT NSDI dikendalikan oleh grup afiliasi, penggunaan ROS dianggap akan menyebabkan bias. Hakim berpendapat bahwa biaya operasional (yang berasal dari transaksi independen) adalah penggerak nilai (value driver) yang paling akurat untuk mengukur imbalan atas fungsi yang dijalankan oleh limited risk entity.
Putusan ini memberikan preseden penting bagi perusahaan multinasional di Indonesia. Kemenangan PT NSDI menunjukkan bahwa dokumentasi Transfer Pricing yang kuat harus mampu membuktikan secara fungsional mengapa suatu PLI lebih unggul daripada yang lain. Konsistensi antara profil risiko, fungsi yang dijalankan, dan pemilihan denominator adalah kunci utama dalam memenangkan sengketa harga transfer.