Pengadilan Pajak dalam Putusan Nomor PUT-009089.15/2023/PP/M.XVIIIA Tahun 2025 dengan tegas menegaskan bahwa kelalaian prosedural wajib pajak dalam memenuhi permintaan dokumen pemeriksaan secara mutlak membenarkan hak otoritas pajak untuk menetapkan Penghasilan Kena Pajak secara jabatan. Kasus ini menimpa PT MSJ, wajib pajak badan yang bergerak di sektor Perkebunan Buah Kelapa Sawit (KLU 01262), yang disengketakan atas koreksi Harga Pokok Penjualan (HPP) sebesar Rp841,18 juta dan Biaya Usaha Lainnya sebesar Rp452,22 juta. Koreksi tersebut bukan berasal dari pengujian substansi biaya, melainkan konsekuensi langsung dari penerapan Norma Penghitungan Penghasilan Neto (NPPN) 14% atas total peredaran usaha.
Wajib Pajak beralasan bahwa keterlambatan penyerahan buku dan catatan disebabkan oleh keadaan Kahar (Bencana Nasional Non-Alam COVID-19) dan isolasi mandiri yang dialami oleh pegawai kunci yang mengurus pembukuan tahun 2018. Namun, Majelis Hakim menolak dalil force majeure ini, berpendapat bahwa kondisi pandemi saat proses pemeriksaan (akhir 2021-awal 2022) sudah terkendali, dan Wajib Pajak tidak memberikan bukti pendukung yang cukup mengenai sakitnya pegawai kunci. Akibatnya, pelanggaran terhadap Pasal 29 ayat (3a) UU KUP (kewajiban menyerahkan dokumen dalam 1 bulan) dianggap sah memicu penetapan jabatan sesuai Pasal 31 ayat (2) PMK 17/2013.
Implikasi paling krusial dari penetapan NPPN ini adalah pembatasan hak Majelis Hakim dalam menguji kebenaran materiil pembukuan. Berdasarkan Pasal 57 ayat (1) PMK 17/2013, ketika penetapan dilakukan secara jabatan, dokumen-dokumen yang diserahkan Wajib Pajak selanjutnya (terutama yang berkaitan dengan HPP dan biaya) hanya dapat dipertimbangkan terbatas pada perhitungan peredaran usaha atau penghasilan bruto dan kredit pajak. Majelis Hakim menguatkan NPPN 14% Terbanding dan secara formal mempertahankan koreksi HPP dan Biaya Usaha Lainnya, meskipun Wajib Pajak mengklaim pembukuannya menghasilkan Penghasilan Neto yang jauh lebih kecil.
Kasus ini menjadi pengingat kritis bahwa kepatuhan prosedural, termasuk batas waktu penyerahan dokumen, adalah benteng pertahanan formal utama wajib pajak di Indonesia.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini