Sengketa perpajakan pada PT NSPI berpusat pada koreksi positif Harga Pokok Penjualan (HPP) senilai Rp1,24 miliar yang dilakukan Terbanding akibat ketidakmampuan Wajib Pajak menyajikan rincian inventory per unit secara presisi. Otoritas pajak berpegang teguh pada formalitas Pasal 28 UU KUP, yang mewajibkan pembukuan didukung bukti yang dapat diuji silang (cross-check) secara mendetail hingga ke setiap transaksi penjualan. Persoalan teknis muncul ketika sistem akuntansi Oracle milik perusahaan mengonsolidasikan biaya impor ke dalam nilai persediaan global, sehingga sulit ditarik benang merah manual ke setiap invoice pembelian saat pemeriksaan berlangsung.
Inti konflik ini menguji batas antara kepatuhan formal dan kebenaran material dalam hukum pajak Indonesia. Terbanding bersikeras melakukan koreksi karena Pemohon Banding dianggap gagal memenuhi kewajiban dokumentasi yang memadai untuk membuktikan nilai HPP yang dilaporkan. Di sisi lain, Pemohon Banding membela diri dengan menyerahkan bukti arus barang dan arus uang secara kolektif, menegaskan bahwa biaya tersebut nyata-nyata dikeluarkan dalam rangka mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan sesuai mandat Pasal 6 ayat (1) UU PPh. Ketidaksediaan data dalam format yang diminta Terbanding menjadi penghambat utama proses validasi di tingkat pemeriksaan dan keberatan.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil jalan tengah dengan mengutamakan prinsip substance over form. Melalui uji bukti yang mendalam di persidangan, Majelis melakukan verifikasi atas dokumen PIB, Invoice, dan Rekening Koran yang disampaikan. Hasilnya, Majelis berkeyakinan bahwa sebagian besar biaya HPP memang didukung oleh bukti transaksi yang valid meskipun rincian per item barang tidak tersedia secara sempurna. Namun, terdapat porsi sengketa sebesar Rp407 juta yang tetap dipertahankan koreksinya karena kegagalan Pemohon Banding dalam membuktikan arus uang yang nyata.
Putusan ini memberikan implikasi krusial bagi Wajib Pajak mengenai pentingnya sinkronisasi antara sistem ERP perusahaan dengan standar dokumentasi audit pajak. Meskipun kemenangan parsial diraih, kasus ini menjadi pengingat bahwa kelemahan dalam penelusuran data (audit trail) dapat menyebabkan kerugian finansial yang signifikan. Perusahaan dituntut untuk tidak hanya memiliki bukti transaksi, tetapi juga kemampuan untuk mengintegrasikan data tersebut ke dalam laporan rincian persediaan yang siap diuji kapan saja oleh otoritas pajak guna menghindari koreksi yang tidak perlu.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini