Sengketa Pajak Masukan sering kali menjadi batu sandungan bagi Wajib Pajak, terutama ketika otoritas pajak menerapkan kriteria formal yang melampaui batasan undang-undang. Dalam kasus JO. PT. JKMP, Terbanding melakukan koreksi atas Pajak Masukan dengan dalih bahwa tanggal faktur pajak mendahului tanggal pemberian Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) dan penggunaan nomor di luar jatah, sebagaimana diatur dalam PER-24/PJ/2012 dan SE-26/PJ/2015. Namun, inti konflik ini terletak pada apakah aturan administratif setingkat Peraturan Direktur Jenderal dapat membatalkan hak pengkreditan yang telah dijamin oleh Undang-Undang PPN selama syarat formal utama dalam Pasal 13 ayat (5) terpenuhi.
Majelis Hakim memberikan resolusi yang sangat krusial dengan menegaskan bahwa kriteria "Faktur Pajak Tidak Lengkap" dalam regulasi internal DJP tidak boleh bertentangan dengan hierarki hukum yang lebih tinggi, yaitu UU PPN dan PMK Nomor 84/PMK.03/2012. Hakim berpendapat bahwa Wajib Pajak pembeli tidak memiliki akses terhadap informasi rahasia mengenai jatah NSFP milik supplier, sehingga tidak adil jika pembeli menanggung akibat hukum atas kelalaian administrasi pihak ketiga. Sepanjang Wajib Pajak dapat membuktikan kebenaran transaksi melalui uji arus uang dan arus barang, serta membuktikan bahwa PPN telah dibayar, maka hak pengkreditan harus tetap dilindungi.
Analisis ini menunjukkan bahwa kepastian hukum harus diutamakan di atas formalisme administratif yang kaku. Implikasi dari putusan ini memperkuat posisi Wajib Pajak dalam mempertahankan Pajak Masukan selama bukti materialitas transaksi (substance over form) tersedia dengan lengkap. Putusan ini juga menjadi pengingat bagi otoritas pajak untuk tidak memperluas interpretasi kriteria "cacat formal" melalui surat edaran atau peraturan internal yang berpotensi mencederai hak konstitusional Wajib Pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini