Dalam sengketa perpajakan yang melibatkan perusahaan non-aktif, seringkali pemeriksa pajak langsung mencoret seluruh biaya gaji dengan alasan tidak adanya dokumen pembukuan saat pemeriksaan. Namun, Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-004960.15/2021/PP/M.XVIIIA Tahun 2025 memberikan pelajaran krusial: data internal Direktorat Jenderal Pajak (DJP) sendiri, yakni Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) terkait PPh 21, dapat menjadi bukti pamungkas yang mematahkan koreksi tersebut.
Kasus ini bermula ketika PT BML (Pemohon Banding) dikoreksi biaya gajinya sebesar Rp4,3 Miliar oleh DJP. Alasan DJP klasik: Wajib Pajak tidak menyerahkan General Ledger dan bukti pendukung saat pemeriksaan lapangan, sehingga DJP menggunakan Pasal 26A ayat (4) UU KUP untuk tidak mengakui biaya tersebut. DJP beranggapan karena perusahaan tutup dan tidak beroperasi, klaim biaya gaji menjadi meragukan.
Namun, di persidangan terungkap fakta menarik. Pemohon Banding jeli melihat celah dalam Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) yang dibuat oleh DJP sendiri. Dalam LHP tersebut, DJP mengakui bahwa Pemohon telah melaporkan SPT Masa PPh 21 dengan Dasar Pengenaan Pajak (DPP) sebesar Rp4,3 Miliar—angka yang persis sama dengan biaya gaji yang dikoreksi di PPh Badan.
Majelis Hakim melihat ini sebagai inkonsistensi fatal. Di satu sisi, DJP mengakui adanya objek pajak PPh 21 (gaji yang dibayarkan) dan pajaknya telah diterima negara. Di sisi lain, DJP menolak mengakui pembayaran tersebut sebagai biaya di PPh Badan. Ditambah dengan bukti transfer gaji yang diserahkan di persidangan, Majelis Hakim memutuskan bahwa biaya gaji tersebut nyata (kebenaran materiil).
Putusan ini menegaskan bahwa DJP tidak bisa sembarangan melakukan koreksi biaya gaji jika PPh 21 atas gaji tersebut telah dibayar dan diakui. Bagi Wajib Pajak, ini adalah pengingat pentingnya ekualisasi (rekonsiliasi) antara Biaya Gaji di PPh Badan dan DPP di SPT PPh 21. Jika angkanya klop dan pajaknya disetor, posisi Wajib Pajak sangat kuat di mata hukum, meskipun dokumen pembukuan sempat tercecer saat pemeriksaan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini