Dalam lanskap perpajakan Indonesia, sengketa yang timbul akibat ekualisasi data otomatis—seperti data e-Faktur dengan objek PPh—menjadi semakin lazim. Seringkali, data sistem dianggap sebagai kebenaran absolut oleh otoritas pajak, mengabaikan realitas transaksi di lapangan. Kasus yang menimpa BLG [(PUT-004985.11/2021/PP/M.XVIIIA Tahun 2025 - 12 Agustus 2025)] menjadi contoh klasik pertentangan antara data administratif versus bukti materiil pembayaran. Kasus ini relevan karena menyoroti kekuatan pembuktian Nomor Transaksi Penerimaan Negara (NTPN) dan surat konfirmasi pihak ketiga dalam mematahkan asumsi koreksi berbasis sistem.
Sengketa bermula ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPh Pasal 22 Masa Juni 2017 milik BLG sebesar Rp1,6 miliar. Koreksi ini dipicu oleh temuan data di sistem e-Faktur Pembelian yang dianggap sebagai transaksi pembelian barang yang belum dipungut PPh Pasal 22-nya. DJP bersikukuh pada data sistem dan menolak bukti sanggahan Wajib Pajak yang dianggap tidak formal. Di sisi lain, BLG berargumen bahwa sebagian transaksi (dengan PT BE) sudah disetor pajaknya dengan bukti NTPN yang sah, dan sebagian lagi (dengan PT TS) adalah transaksi fiktif yang tidak pernah terjadi, didukung oleh pernyataan lawan transaksi.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil pendekatan pembuktian materiil (substance over form). Dalam putusannya, Hakim memenangkan BLG untuk dua pos sengketa utama. Pertama, atas transaksi PT BE, Hakim menegaskan bahwa NTPN adalah bukti pembayaran yang sah dan tak terbantahkan, mengalahkan keraguan administratif DJP. Kedua, untuk transaksi PT TS, Hakim menerima surat keterangan lawan transaksi dan SPT PPN sebagai bukti bahwa transaksi tersebut tidak nyata, sehingga membatalkan basis koreksi e-Faktur. Namun, Hakim tetap mempertahankan koreksi untuk transaksi lain dimana Wajib Pajak gagal menyajikan bukti sanggahan yang konkret saat uji bukti.
Putusan ini memberikan preseden kuat bahwa data e-Faktur bukanlah bukti "tuhan" yang tidak bisa diganggu gugat. Wajib Pajak dapat memenangkan sengketa asalkan mampu menyajikan bukti materiil yang kuat: bukti setor (NTPN) yang valid untuk transaksi yang terjadi, dan konfirmasi pihak ketiga untuk transaksi yang tidak terjadi. Bagi perusahaan BUMN maupun swasta, kasus ini menjadi pengingat krusial akan pentingnya dokumentasi pembayaran yang rapi dan rekonsiliasi data e-Faktur secara berkala untuk mendeteksi anomali data sejak dini.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini