Pajak Pertambahan Nilai (PPN) menganut prinsip indirect tax di mana beban pajak seharusnya dipikul oleh konsumen akhir. Namun, dalam kasus PT BYG, mekanisme konfirmasi Faktur Pajak melalui portal DJP menjadi titik sengketa krusial ketika sistem menunjukkan jawaban "Tidak Ada".
Terbanding melakukan koreksi berdasarkan Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN, menganggap hak pengkreditan gugur karena PPN belum dilaporkan oleh penjual. Namun, PT BYG memberikan argumen defensif yang kuat:
Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil langkah progresif dengan tidak terpaku pada sistem otomatis (konfirmasi portal). Hakim melakukan uji bukti mendalam:
Majelis berpendapat bahwa jika kedua arus tersebut terbukti nyata, maka tanggung jawab pembayaran pajak telah berpindah kepada negara melalui penjual. Kelalaian penjual dalam melapor tidak boleh menghilangkan hak konstitusional pembeli.
Putusan ini menegaskan bahwa keadilan perpajakan harus didasarkan pada fakta ekonomi yang sebenarnya (substance over form). Bagi Wajib Pajak, kemenangan ini menjadi pengingat bahwa dokumentasi bukti transfer dan berita acara penerimaan barang adalah "senjata" utama untuk melawan koreksi administratif yang disebabkan oleh pihak ketiga.
Kesimpulan: Majelis Hakim mengabulkan sebagian banding PT BYG, memulihkan hak pengkreditan pajak pada transaksi yang memiliki arus uang dan barang yang jelas, serta membatalkan supremasi sistem konfirmasi digital di atas bukti material.