Objek gugatan dalam sengketa antara PT IB dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) bermula dari penolakan administratif atas permohonan pengurangan atau pembatalan ketetapan pajak yang tidak benar. Persoalan menjadi pelik ketika Pengadilan Pajak harus menguji apakah sebuah surat penjelasan teknis dari DJP dapat dikualifikasikan sebagai Keputusan Tata Usaha Negara (KTUN) yang dapat menjadi objek sengketa. Inti konflik berpusat pada perbedaan interpretasi jangka waktu pengajuan gugatan, di mana PT IB bersandar pada tanggal penerimaan dokumen, sedangkan DJP berpegang teguh pada tanggal pengiriman dokumen.
DJP mendalilkan bahwa Surat Nomor S-1003/WPJ.03/2024 hanyalah korespondensi administratif yang menjelaskan mengapa permohonan PT IB dikembalikan, sehingga tidak memenuhi unsur materiil sebagai objek gugatan. Di sisi lain, PT IB merasa hak-hak hukumnya tercederai karena permohonan keadilan materiil atas SKPKB PPh Tahun 2018 terhenti oleh prosedur birokrasi. PT IB mencoba meyakinkan Majelis bahwa keterlambatan tiga hari dari tanggal kirim seharusnya dapat dimaklumi berdasarkan asas keadilan dan fakta penerimaan fisik surat.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan supremasi Pasal 40 ayat (3) UU Pengadilan Pajak (UU PP) yang mengatur secara limitatif jangka waktu gugatan adalah 30 hari sejak tanggal dikirim. Pengadilan Pajak konsisten menerapkan teori pengiriman (stempel pos) untuk menjamin kepastian hukum. Karena objek yang digugat bukan merupakan keputusan yang memiliki kekuatan hukum mengikat secara mandiri dan pengajuannya telah melewati jangka waktu yang ditentukan, Majelis tidak memiliki dasar hukum untuk memeriksa materi sengketa lebih lanjut.
Putusan ini memberikan implikasi serius bagi praktisi perpajakan bahwa kepatuhan formal adalah pintu gerbang utama menuju keadilan materiil. Keterlambatan sekecil apa pun dalam prosedur formal berakibat pada tidak dapat diterimanya gugatan (Niet Ontvankelijke Verklaard), terlepas dari seberapa kuat argumen substansi yang dimiliki Wajib Pajak. Perusahaan harus memperketat pengawasan terhadap administrasi surat-menyurat dan memastikan perhitungan jangka waktu upaya hukum selalu mengacu pada tanggal pengiriman dokumen oleh otoritas pajak.