Penerapan Pasal 9 ayat (8) huruf b Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai (UU PPN) yang menegaskan bahwa Pajak Masukan harus berhubungan langsung dengan kegiatan usaha seringkali menjadi sumber sengketa, khususnya bagi Wajib Pajak yang sedang tidak aktif beroperasi atau memiliki peredaran usaha nihil. Putusan Pengadilan Pajak Nomor menjadi preseden penting yang membatalkan koreksi PPN, secara tegas menyatakan bahwa alasan non-aktif perusahaan tidak dapat menjadi dasar tunggal untuk menolak pengkreditan Pajak Masukan (PM) sepanjang substansi transaksi dapat dibuktikan melalui mekanisme Konfirmasi PKPM (Pajak Keluaran-Pajak Masukan).
Kasus ini berawal dari koreksi Direktur Jenderal Pajak (DJP) terhadap Pajak Masukan PT BML sebesar Rp750.000,00 untuk Masa Pajak Agustus 2015. DJP berargumen bahwa koreksi ini sah karena PT BML ditemukan tidak lagi melakukan kegiatan produksi atau operasional, dengan peredaran usaha nihil pada periode sengketa. Kondisi non-aktif ini dijadikan dasar untuk menyimpulkan bahwa Faktur Pajak Masukan (FPM) tersebut tidak memiliki hubungan langsung dengan kegiatan usaha yang menghasilkan Penyerahan Kena Pajak, melanggar ketentuan substantif PPN.
Di samping itu, DJP juga memperkuat argumentasi koreksi dengan alasan prosedural, yaitu kegagalan PT BML menyerahkan dokumen lengkap pada saat pemeriksaan, sehingga bukti-bukti yang baru diserahkan pada tahap banding seharusnya tidak dapat dipertimbangkan sesuai dengan ketentuan Pasal 26A ayat (4) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP). Namun, PT BML membantah keras, menegaskan bahwa FPM tersebut sah dan terkait dengan upaya perusahaan untuk mempertahankan kelangsungan hidupnya. Mereka juga menjelaskan kendala penyerahan dokumen adalah akibat kesulitan internal perusahaan yang kemudian mendeklarasikan kepailitan.
Dalam pemeriksaan, Majelis Hakim Pengadilan Pajak secara mendalam menganalisis pembuktian materiil atas transaksi. Majelis menolak argumen DJP terkait status non-aktif perusahaan, berpendapat bahwa biaya-biaya pendukung kelangsungan hidup perusahaan tetap diperlukan dan dapat mengkreditkan PM. Poin penentu dalam putusan ini adalah temuan bahwa DJP sendiri telah melakukan Konfirmasi PKPM terhadap Faktur Pajak tersebut, yang hasilnya secara eksplisit menyatakan FPM tersebut "ada" dan PPN telah dipungut serta disetor oleh lawan transaksi.
Berdasarkan hasil Konfirmasi PKPM yang dilakukan oleh DJP, Majelis Hakim menyimpulkan bahwa kebenaran substansial dan formal Faktur Pajak tersebut telah terbukti. Dengan demikian, Majelis berpendapat bahwa Pajak Masukan tersebut wajib dikreditkan sesuai Pasal 9 UU PPN. Implikasi dari putusan ini sangat signifikan, memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak yang menghadapi kondisi sulit atau distress. Putusan ini menegaskan bahwa bobot bukti materiil, terutama hasil konfirmasi resmi DJP, lebih tinggi daripada sekadar penolakan yang didasarkan pada kondisi non-operasional atau argumen prosedural semata. Keputusan ini membatalkan seluruh koreksi dan sanksi DJP, mengabulkan seluruh permohonan banding PT BML.