Kepatuhan prosedural administrasi perpajakan kembali menjadi penentu utama dalam sengketa litigasi, sebagaimana ditegaskan dalam Putusan ini. Kasus ini melibatkan PT ILI, yang mengajukan gugatan atas penolakan Permohonan Pengembalian Kelebihan Pembayaran Pajak Yang Seharusnya Tidak Terutang (PKP-SNT) PPh Badan Tahun Pajak 2011.
Inti konflik dalam kasus ini berpusat pada dua argumen formal Direktorat Jenderal Pajak (DJP). Pertama, DJP menyatakan hak untuk menetapkan besarnya pajak, termasuk penerbitan Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar (SKPLB) untuk Tahun Pajak 2011, telah daluwarsa karena telah melewati jangka waktu 5 (lima) tahun sesuai Pasal 13 ayat (4) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP). Konsekuensinya, Surat Pemberitahuan (SPT) Tahunan 2011 telah menjadi pasti. Kedua, DJP merujuk pada Peraturan Menteri Keuangan (PMK) 187/PMK.03/2015, di mana permohonan PKP-SNT dilarang atas pajak yang telah dikreditkan dalam SPT Tahunan. DJP menemukan bahwa PPh Pasal 25 dan PPh Pasal 29 yang menjadi dasar klaim kelebihan bayar oleh PT ILI sudah dikreditkan dalam SPT PPh Badan 2011.
PT ILI membantah dalil daluwarsa dengan mengklaim bahwa batas waktu 5 tahun hanya berlaku untuk penerbitan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB), sementara penerbitan SKPLB diatur oleh jangka waktu 12 bulan sejak permohonan diterima. Terkait isu pengkreditan, PT ILI berargumen bahwa substansi kelebihan bayar akibat salah penerapan PPh Final harus diutamakan, dan PPh Pasal 25 yang dibayar seharusnya tidak terutang sehingga status pengkreditannya dapat diabaikan.
Dalam resolusinya, Majelis Hakim secara tegas menguatkan dalil DJP. Majelis menyatakan bahwa daluwarsa penetapan pajak 5 tahun berlaku secara universal untuk hak penetapan fiskus, yang mencakup baik SKPKB maupun SKPLB. Sejak Tahun Pajak 2011 berakhir, hak penetapan tersebut telah gugur pada 1 Januari 2017, sementara gugatan diajukan tahun 2018. Lebih lanjut, Majelis menegaskan bahwa syarat formal dalam PMK 187/PMK.03/2015 mengenai larangan pengkreditan pajak yang dimohonkan PKP-SNT adalah mandatori. Dengan adanya fakta bahwa PPh Pasal 25 dan PPh Pasal 29 telah dikreditkan, PT ILI secara formal tidak memenuhi syarat untuk mendapatkan pengembalian pajak melalui skema PKP-SNT.
Analisis putusan ini membawa implikasi penting bagi praktik perpajakan Wajib Pajak. Putusan ini menjadi preseden kuat yang menegaskan kembali dua prinsip. Pertama, Batas waktu Daluwarsa Penetapan Pajak (5 tahun) adalah pagar hukum yang mutlak, yang tidak hanya melindungi Wajib Pajak dari SKPKB di luar jangka waktu, tetapi juga membatasi Wajib Pajak dari mendapatkan hak kelebihan bayar (SKPLB/PKP-SNT) di luar batas waktu tersebut. Kedua, formalitas dalam pengajuan PKP-SNT adalah syarat yang harus dipenuhi secara ketat. Wajib Pajak harus proaktif melakukan pembetulan SPT untuk membatalkan pengkreditan pajak yang keliru dan mengajukan permohonan sebelum batas daluwarsa. Kegagalan mematuhi salah satu dari dua formalitas ini secara langsung menggugurkan hak Wajib Pajak untuk memperoleh pengembalian pajak, terlepas dari kebenaran substansial klaim kelebihan pembayaran.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini