Direktorat Jenderal Pajak (DJP) seringkali menggunakan metode ekualisasi antara SPT PPN dan PPh Badan sebagai senjata utama dalam melakukan koreksi omzet. Dalam kasus yang dialami oleh PT JEK, koreksi DPP PPN senilai miliaran rupiah muncul akibat perbedaan data administratif yang dianggap DJP sebagai penjualan yang tidak dilaporkan. Namun, sengketa ini membuktikan bahwa pendekatan formalistik tidak selalu sejalan dengan keadilan hukum jika bukti materiil mampu berbicara sebaliknya di hadapan Majelis Hakim.
Inti konflik bermula ketika DJP menolak dokumen BC 4.0 yang diajukan PT JEK dengan alasan dokumen tersebut tidak disampaikan saat pemeriksaan sesuai Pasal 26A ayat (4) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP). DJP juga mengoreksi Pajak Masukan atas biaya konsultan analisa tanah dan pembangunan perumahan karyawan dengan dalih tidak memiliki hubungan langsung dengan kegiatan usaha. PT JEK berargumen bahwa selisih ekualisasi adalah murni transaksi ekspor yang sudah tercatat di pembukuan dan dokumen BC 4.0 membuktikan penyerahan ke Kawasan Berikat yang berhak atas fasilitas tidak dipungut.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya mengambil posisi yang progresif dengan mengakui bukti-bukti susulan tersebut. Majelis menyatakan bahwa pembangunan infrastruktur karyawan di area perkebunan kelapa sawit yang terisolasi merupakan bagian tak terpisahkan dari kegiatan usaha (integral), sehingga Pajak Masukannya sah untuk dikreditkan. Resolusi akhirnya adalah pembatalan seluruh koreksi DJP, menegaskan bahwa kebenaran materiil harus diutamakan di atas prosedur administratif yang kaku.
Putusan ini memberikan preseden penting bagi perusahaan di sektor agribisnis dan manufaktur. Implikasinya jelas: Wajib Pajak memiliki ruang hukum untuk mempertahankan haknya atas pengkreditan Pajak Masukan selama dapat membuktikan kaitan biaya tersebut dengan operasional inti perusahaan. Kegagalan administratif di tingkat pemeriksaan tidak otomatis menghilangkan hak substansial Wajib Pajak di tingkat banding.