Sengketa antara PT DR melawan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menjadi preseden penting mengenai bagaimana Pengadilan Pajak memandang kesalahan administratif dalam struktur Kerja Sama Operasi (KSO). Isu utama bermula ketika DJP melakukan reklasifikasi penyerahan jasa yang semula dilaporkan kepada Perusahaan Listrik Negara (PLN) sebagai penyerahan kepada KSO, yang berujung pada tagihan pajak ganda bagi PT DR.
DJP berargumen secara kaku pada aspek formil bahwa kontrak kerja ditandatangani atas nama KSO, sehingga KSO wajib memiliki Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP)/Pengusaha Kena Pajak (PKP) sendiri. Akibatnya, penyerahan oleh anggota dianggap sebagai penyerahan "Pungut Sendiri" (kode 010). Di sisi lain, PT DR membuktikan secara substansi bahwa pekerjaan dan pembayaran dilakukan secara mandiri oleh tiap anggota, serta Pajak Pertambahan Nilai (PPN) telah dipungut oleh PLN.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya memberikan terobosan hukum dengan mengedepankan asas kemanfaatan. Hakim menyatakan bahwa memaksakan pembayaran pajak yang sama untuk kedua kalinya hanya karena kesalahan prosedur administratif adalah tindakan yang mencederai keadilan, terutama saat hak negara sebenarnya sudah terpenuhi. Resolusi ini menegaskan bahwa kebenaran materiil harus dijunjung tinggi di atas formalitas dokumen.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa Wajib Pajak yang terlibat dalam KSO harus sangat teliti dalam menyelaraskan antara klausul kontrak dengan mekanisme faktur pajak. Kegagalan sinkronisasi ini dapat memicu sengketa panjang, meskipun pada akhirnya pengadilan dapat memberikan perlindungan melalui prinsip keadilan hukum.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini