Penerapan fasilitas Pajak Pertambahan Nilai (PPN) Tidak Dipungut atas pemasukan Bahan Baku Kelapa Sawit (Crude Palm Oil/CPO) ke Kawasan Berikat menjadi isu krusial dalam Putusan ini. Sengketa antara PT PHPO dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) ini berpusat pada validitas Faktur Pajak Masukan (FPM) dengan kode transaksi '010' yang seharusnya menggunakan kode '070' pasca penetapan status Pengusaha Dalam Kawasan Berikat (PDKB) PT PHPO. Meskipun DJP berpegang teguh pada persyaratan formal PPN yang tidak dipungut tidak dapat dikreditkan, Majelis Hakim membatalkan koreksi Rp4.109.866.935,00 dengan menekankan pada substansi, asas keadilan, dan ketiadaan kerugian negara akibat PPN yang telah disetor oleh penjual.
Inti konflik dalam sengketa ini bermula dari pengukuhan status PDKB PT PHPO pada 26 Juni 2015. Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan (PMK) terkait Kawasan Berikat, setiap pemasukan barang dari Tempat Lain Dalam Daerah Pabean (TLDDP) untuk diolah di KB berhak mendapat fasilitas PPN Tidak Dipungut, dan wajib dibuatkan FPM dengan Kode Transaksi '070'. Namun, FPM yang diterima PT PHPO atas pembelian CPO pada Masa Pajak Juli 2015 menggunakan Kode '010' (PPN dipungut). DJP secara tegas mengacu pada Pasal 14 ayat (2c) PMK-120/PMK.04/2013 yang melarang pengkreditan PPN yang seharusnya tidak dipungut. DJP mengklaim bahwa FPM tersebut cacat formal dan material karena mengandung keterangan yang tidak sesuai dengan perlakuan PPN yang sesungguhnya.
PT PHPO, sebagai pihak yang menerima fasilitas, mengajukan keberatan dengan argumentasi yang lebih bersifat yuridis dan bisnis. PT PHPO menjelaskan bahwa kontrak pembelian CPO telah disepakati sebelum status PDKB berlaku, dan menuntut amandemen kontrak setelah status PDKB efektif berisiko menimbulkan wanprestasi sesuai KUHPerdata. Lebih penting lagi, PT PHPO menekankan fakta bahwa PPN yang tertera pada faktur '010' telah dibayar oleh PT PHPO dan telah disetor ke kas negara oleh PKP Penjual. Argumentasi ini secara material menunjukkan tidak adanya kerugian pada keuangan negara.
Resolusi atas perselisihan ini datang dari Majelis Hakim Pengadilan Pajak yang berpendapat bahwa FPM tersebut tidak dapat dianggap Faktur Pajak Tidak Lengkap atau fiktif. Majelis mengabaikan cacat formal pada kode transaksi. Pertimbangan kunci Majelis adalah penerapan asas keadilan. Mengingat PT PHPO adalah PDKB yang fokus pada ekspor (94% penjualan), penolakan pengkreditan PM akan menyebabkan double taxation atau pajak berganda, yang bertentangan dengan prinsip dasar PPN dan asas keadilan. Oleh karena itu, Majelis mengabulkan seluruh permohonan banding PT PHPO.
Putusan ini menghasilkan implikasi penting bagi praktik perpajakan, terutama bagi perusahaan yang beroperasi di Kawasan Berikat. Keputusan Majelis menegaskan bahwa dalam situasi tertentu, substansi dan asas keadilan dapat mengalahkan formalitas administratif yang kaku, terutama jika terbukti PPN telah disetor dan tidak ada kerugian negara. Namun, putusan ini juga merupakan pengingat bagi setiap PDKB untuk memastikan kepatuhan formal secara ketat. Kegagalan memastikan PKP Penjual menerbitkan Kode '070' tetap menjadi risiko sengketa yang tinggi, apalagi dengan semakin ketatnya regulasi PPN Kawasan Berikat saat ini.