Penurunan signifikan performa finansial PT JSSI selama tahun 2020 memicu sengketa transfer pricing yang kompleks dengan Direktorat Jenderal Pajak (DJP). DJP melakukan koreksi masif atas peredaran usaha, Harga Pokok Penjualan (HPP), serta biaya jasa dan royalti dengan total nilai Rp36.297.225.955,00. Fokus utama konflik ini terletak pada interpretasi kewajaran atas kerugian perusahaan di tengah kontraksi ekonomi akibat pandemi Covid-19 dan pembuktian substansi ekonomi atas pembayaran jasa ke grup perusahaan di luar negeri.
DJP berpendapat bahwa metode TNMM (Transactional Net Margin Method) tingkat entitas yang digunakan PT JSSI tidak memadai dan cenderung menyamarkan ketidakwajaran harga transaksi individu. Sebaliknya, PT JSSI melalui kuasa hukumnya berargumen bahwa kerugian tersebut bersifat alamiah (genuine losses) karena penurunan penjualan ekspor dan domestik hingga 50,26%, selaras dengan data industri otomotif dari GAIKINDO (Gabungan industri Kendaraan Bermotor Indonesia). PT JSSI juga menyajikan bukti kuat bahwa biaya jasa intra-grup memberikan manfaat nyata berupa standarisasi sistem keselamatan global yang krusial bagi lini produksi mereka.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan resolusi yang berpihak pada keadilan administratif dengan membatalkan seluruh koreksi DJP. Hakim menilai bahwa penerapan metode Cost Plus dan Resale Price secara transaksional oleh DJP tidak memiliki basis data pembanding yang valid dan tidak konsisten. Hakim menegaskan bahwa dokumentasi pendukung jasa berupa Global Service Agreement dan rincian alokasi biaya sudah memenuhi standar pembuktian eksistensi dan manfaat dalam praktik perpajakan internasional.
Implikasi dari putusan ini menegaskan pentingnya bagi perusahaan multinasional di Indonesia untuk tidak hanya mengandalkan dokumen formal, tetapi juga dokumentasi operasional yang mampu menjelaskan konteks ekonomi di balik angka-angka laporan keuangan. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa kerugian akibat pandemi dapat diterima secara fiskal sejauh didukung oleh analisis fungsi, aset, dan risiko (FAR) yang komprehensif.